In 2004 heeft de Kerkenraad van de Evangelisch Lutherse Gemeente, na de leden van de gemeente gehoord te hebben, van harte besloten mee te gaan in de landelijke fusie van de Lutherse Kerk met Hervormde Kerk en de Gereformeerde keren tot de Protestantse Kerk in Nederland (PKN). Ook de kerkenraden van de plaatselijke Hervormde Gemeente en van de Gereformeerde Kerk van Woerden hebben die keuze gemaakt. Deze besluiten betekenden niet een automatische éénwording van deze kerken in Woerden. Weliswaar behoren alle drie tot die ene Protestantse Kerk in Nederland, hanteren dezelfde kerkorden en de daarbij behorende uitvoeringsbepalingen e.d., maar er zijn verscheidene verschijningsvormen. Gezamenlijke activiteiten zijn o.a. de avonddiensten en de werkgroep Geloof en Cultuur.