Vanaf 1520 was Jan de Bakker (Johannes Pistorius) hulppriester van de parochie in Woerden. Hij had contacten met lutheranen in Duitsland. Zijn prediking bracht hem in conflict met de kerkelijke en wereldlijke overheid. Hij werd in 1525 in Den Haag als ketter verbrand. Het zegel van de Lutherse gemeente draagt de afbeelding daarvan.

In 1564 was Cornelis van der Laer hulpprediker op het kasteel van Woerden. Hij was sterk beïnvloed door het in de Duitse landen inmiddels gevestigde lutheranisme. Van der Laer werd de eerste Lutherse predikant van Woerden. De diensten werden vanaf toen gehouden in de stadskerk: de Petruskerk.

Als enige stad in de Nederlanden kreeg Woerden een Luthers stadsbestuur. In 1572 koos de stad de zijde van de prins van Oranje, op voorwaarde dat de stad Luthers mocht blijven. Toen echter in 1579 de Hollandse Synode besloot, dat de reformatie slechts op één wijze (namelijk de calvinistische) gestalte kon krijgen, verdwenen de Lutherse bestuurders. Vanaf 1591 was de Lutherse godsdienst officieel verboden, maar werd wel getolereerd. De lutheranen kerkten vanaf 1611 in de stal van een boerderij (het huidige pand aan de Jan de Bakkerstraat).

Op de plek van de stal wordt in 1646 een nieuwgebouwde stenen kerk in gebruik genomen. De kerk moet als schuilkerk (= verscholen kerk) gebouwd worden: geen toren, geen luidklok. Vanaf de straat was deze schuilkerk niet te zien, al wist iedereen er ongetwijfeld van. De kerk ligt in de Jan de Bakkerstraat in Woerden. Vroeger lag de achterzijde van de kerk tegen de stadswal, de ingang was toen via een dwarshuis, dat vroeger via een paadje over de stadswal bereikbaar was. De kerkgangers van deze schuilkerk mochten destijds niet als zodanig herkend worden. In 1661 werd de ingang naar de voorkant verhuisd, aan de St. Annastraat, tegenwoordig Jan de Bakkerstraat.

Op 5 januari 1846 krijgt J. Bätz & Comp. te Utrecht, orgelmakers van Z.M. den Koning de opdracht tot het vervaardigen en plaatsen van een orgel. Een belangrijke voorwaarde was, dat de oplevering voor 15 september 1846 zou zijn. Dan zou de gemeente het 200 jarig bestaan vieren. In september 1846 is het orgel inderdaad gereed.

Woerden is de eerste en enige stad in Nederland die een luthers stadsbestuur heeft gehad. Wij zijn dan ook verheugd dat Woerden de titel van ‘Reformatiestad’ heeft gekregen. De titel wordt verleend door de Gemeinschaft der Evangelischen Kirchen in Europa (GEKE).